经颅多普勒超声检查一般不会很痛苦，因为其是利用超声多普勒技术完成对颅内外血管的检查，是无创的检查方式，且较为安全。但部分患者可能会产生一定的不适感，主要与患者的敏感性、配合程度、检查时的环境等因素有关。

1、敏感性：部分患者对疼痛比较敏感，由于在进行经颅多普勒超声检查时，需要将管球在颅骨窗口处通过，患者可能会感到一定的不适感，一般可以忍受，不会特别痛苦;

2、配合程度：如果患者在检查时不能较好地配合医生进行活动，可能会出现头皮发麻、发胀的感觉。如果不能完全配合医生进行活动，可能会导致检查的效果不佳，此时痛苦可能会比较大。但一般也都可以进行忍受，或者在医生的指导下通过转移注意力、放松心情等方式来进行缓解;

3、检查时的环境：如果患者在检查时处于嘈杂的环境中，可能会感到不适，也会产生痛苦感。建议在检查时选择安静、舒适的环境，从而可以减少不适感;

4、其他：如果患者比较紧张，害怕有创性操作，也可能会比较痛苦。此时可以在医生指导下适当放松心情，从而减少痛苦。

经颅多普勒超声除了可以应用于血管疾病的诊断，还可以用于评估脑外伤的情况，有较多的优点。但由于部分患者耐受性较差，所以在做经颅多普勒超声时，应根据医生的建议选择合适的检查方式。