做食管内镜超声检查一般不会产生疼痛，但可能会有不适感。食管内镜是临床上比较常见的一种检查方式，属于一种微创技术，主要用于检查食管、胃部、肠道等方面的疾病。

食管内镜通常是指电子胃镜，是通过口腔或者鼻腔插入胃镜，通过其前端的摄像头将胃镜从口腔直接观察到食管、胃部等器官的内部状态，可以有效观察到病变，并且医生可以在直视下取多种样本，进行活组织病理学检查。在做检查时，由于医生会将细小的内镜从口腔或鼻腔插入，所以整个过程患者可能会感到不适，但不会产生疼痛。但若患者自身存在咽喉炎、扁桃体炎等疾病，可能会导致咽喉部位出现水肿、充血等现象，在做检查时可能会刺激到水肿、充血部位，从而出现疼痛感。

此外，对于精神过度紧张、恐惧的患者，在做食管内镜时可能会出现恶心、呕吐等症状，一般会在检查后自行缓解。建议患者做食管内镜检查前不要进食，若检查后出现持续咽喉疼痛的现象，可以到医院的耳鼻喉科就诊，由医生明确具体原因并给予针对性的处理。