CT检查和超声内镜检查均有一定的副作用，CT检查的副作用可能更大一些。但是如果患者病情需要，也可以在医生的指导下，选择更加合适的检查方式。

1、CT检查：CT检查的副作用主要是辐射，患者如果一年内接受过量的CT检查，可能会对人体产生一些影响，另外由于患者本身患有甲状腺疾病，CT检查后还可能会导致病情加重。此外，如果患者有造影剂过敏的病史，CT检查可能会诱发患者出现过敏反应;

2、超声内镜：超声内镜是指在内镜检查中，应用内镜来观察消化道病变的一种微创技术。由于超声内镜比较粗糙，患者如果在检查时不配合，可能会导致发生黏膜损伤。此外，由于超声内镜是通过口腔进行检查，患者如果在检查时出现乱动，可能会导致肠道出现相对位置改变，影响图像观察，从而不能很好地显示病变。

以上两种CT检查都有一定的副作用，但是副作用相对而言较小，患者可以根据病情需要及时选择更加合适自己的检查方式。如果患者进行CT检查后出现恶心、头晕等不适症状，建议及时告知医生进行休息。如果患者在进行超声内镜检查时出现不适症状，也应及时停止检查并进行相应处理。