超声检查血栓是否痛苦，需要根据具体情况进行判断。超声检查血栓主要是利用超声波技术，对受检者的血管进行扫描，从而明确血管内有无血栓的情况。

一、超声检查不痛苦的情况：

1、颈动脉血管超声：对于颈动脉血管超声，大部分受检者不会产生痛苦，因为颈动脉血管超声是通过注射造影剂，利用造影剂显影的方式，或者通过超声探头将血管显影的情况呈现在屏幕上，由于没有皮下组织的阻挡，所以大部分血栓不会造成明显的组织阻塞，更不会产生痛苦;

2、肢体血管超声：肢体血管超声是通过导管在皮肤下方进行穿刺，将导管送至皮肤下方，对血管进行超声探查，通常没有明显的组织阻塞，所以大部分血栓引起的疼痛都比较轻微;

3、脏器血管超声：脏器血管超声检查时无需进行麻醉，即使进行麻醉，术中也可以根据患者的具体情况进行选择，部分医院对疼痛比较敏感，所以会产生一定的痛苦;

4、其他超声检查：如肺动脉超声、大脑动脉血管超声等，均不会使受检者产生痛苦。

二、超声检查痛苦的情况：

如果超声检查时发现血管内有血栓形成，此时会由于血流动力学改变，或者血栓影响周围组织而出现不适感，如疼痛等。

如果受检者存在血栓，建议及时到血管外科就诊，由医生通过多普勒超声、CT血管造影等检查明确具体病情，然后遵医嘱使用阿司匹林肠溶片、华法林钠片等药物进行治疗。