超声检查发现胎儿有染色体异常，可能是遗传因素导致，也可能是受精卵形成的时间晚、胎儿染色体异常导致，需根据不同情况进行分析。

1、遗传因素：如果父母双方或其中一方有染色体异常，在怀孕时就可能遗传给胎儿，导致胎儿的染色体异常。这种情况下没有很好的治疗方法，建议在怀孕期间进行羊水穿刺，明确胎儿是否存在染色体异常;

2、受精卵形成的时间晚：如果受精卵形成的时间晚，就可能没有羊水或羊水含量多，胎儿在宫腔内的活动范围也比较小，这种情况下进行超声检查就可能会出现看不清胎儿的染色体情况。建议在怀孕期间按时进行产检，如果发现胎儿有染色体异常，在必要时需终止妊娠;

3、胎儿染色体异常：还有一种情况与胎儿本身的染色体异常有关，如21-三体综合征，是由于染色体异常导致的先天性愚型，会导致胎儿发育迟缓、智力低下，超声检查可发现胎儿有明显的颈项透明度降低、鼻骨不发育、心脏畸形等情况，建议在孕中期进行羊水穿刺，明确胎儿是否存在染色体异常;

4、其他原因：女性在孕早期服用影响胎儿发育的药物，如米非司酮、米索前列醇等，可能会导致胎儿染色体异常，超声检查时可发现胎儿有明显的颈项透明度降低等情况，建议遵医嘱停用药物或进行人工流产。

如果超声检查发现胎儿有染色体异常，建议在医生指导下终止妊娠。孕妇在孕期要进行唐氏筛查、四维彩超检查、胎儿心脏超声检查等，排除胎儿畸形的可能。