胃肠超声检查能代替胃镜检查，但是有时也会产生冲突，因为胃镜是硬质的管状器械，而胃肠超声检查是一种新型的医学影像学检查技术，两者在诊断胃肠疾病时各有优缺点，可以互相补充，而不能相互替代。

1、胃镜：胃镜是诊断上消化道疾病的常用手段，可以直接观察出食道、胃和十二指肠的病变，可以协助明确是否有慢性胃炎、胃溃疡等疾病，还可以夹取胃黏膜组织进行病理检查。此外，胃镜也可以用于食管、十二指肠球部和降部交界处病变的诊断，如食管癌、胃癌、贲门癌等。而且胃镜检查的范围比较大，可以详细观察出食管、胃和十二指肠的病变，还可以夹取食管内组织进行活检检查，所以胃镜检查一般会替代胃肠超声检查;

2、超声胃镜：超声胃镜是一种新的医学影像学检查技术，利用超声技术观察胃内结构以及病变情况，可以清晰显示消化道管壁的微小病变，如早期胃癌、非典型增生等，也可以通过超声内镜引导下的病理活检检查，进一步明确病变性质。超声胃镜检查比较安全，没有痛苦，也没有创伤，可以代替胃镜检查的作用;

3、磁共振成像：磁共振成像是应用磁共振原理所进行的检查，通过磁共振成像检查可以观察到食管、胃和十二指肠等上消化道器官的病变情况，对于肿瘤等疾病的诊断有明显的优势。而且由于其成像技术的提高，还可以对部分器官组织进行扫描，能够达到较好的诊断效果;

4、CT：CT检查是应用X射线断层显影对人体进行扫描，可以直观地看到器官结构以及病变情况。CT检查可以对消化系统进行检查，并且具有较高的灵敏度，可以发现较小的病灶，所以胃肠超声检查也可以代替CT检查。