肛门超声通常不能检查直肠，因为肛门超声主要针对于肛门周围的病变，而不能检查直肠。对于直肠的检查，通常需要经直肠指诊以及电子结肠镜等。直肠位于肠道的末端，通过肛门超声可以观察直肠的形状、大小，以及有无占位性病变等。

1、肛门指诊：是指医生用食指伸进患者肛门内进行触诊，通常可以检查肛门和直肠有无炎症、血栓、瘘管等。但是肛门指诊通常不能检查直肠，因为指诊无法触及直肠下段的病变;

2、电子结肠镜：通常可以检查出直肠的炎症、息肉、肿瘤等病变，对于存在上述病变的患者，可以直接在肠镜下取活检，进行病理学检查，但是电子结肠镜通常不能检查直肠;

3、排粪造影：通过肛门排粪造影可以检查直肠是否存在出口梗阻的情况，以及是否存在占位性病变等。排粪造影操作比较简单，可以在检查时对直肠、肛门进行清洁灌肠，有助于检查直肠功能;

4、CT：CT检查可以检查直肠的整体情况，如果存在直肠息肉等情况，可以直接在肠镜下进行切除。

此外，核磁共振也可以应用于直肠检查，但其主要用于检查直肠内的肿瘤。因为核磁共振观察的范围较广，可以观察全直肠的情况，对于存在肿瘤或者炎症性的病变，通常可以较为清晰地进行判断。